公元1398年，明洪武31年闰五月初十。南京皇宫中，太祖朱元璋躺在床上，旁边站着皇孙朱允炆。因太子朱标早死，因此继位只能是朱允炆了。朱元璋拉着朱允炆的手说：”我死后，一定要要防止有人图谋不轨，尤其是手握重兵的人。“朱允炆流着泪说：”是，孙儿记住了。“这时只见朱元璋眼一闭，头一歪，不动了.
朱允炆大哭起来：”皇爷爷，皇爷爷。“太医急忙上前把脉，把了一会，对朱允炆说：”陛下归天了“朱允炆一听，大哭起来：”皇爷爷，皇爷爷。“这时，宰相对朱允炆说：”殿下节哀，赶紧准备丧礼和继位事宜。“朱允炆泪流满面：”卿等抓紧去办。“宰相说：”是，臣抓紧去办“。
年轻的朱允炆书生气十足而又温文尔雅，他继承了他父亲的温和和好思考的脾性。他腼腆，且又毫无国政经验；且不说和他的前皇祖考相比，甚至比起他的雄才大略的叔父们，他也没有那种自信心和坚强的性格，甚至也没有那种能力。
这位年轻皇帝的温顺性格和儒家教育，使得他真正关心他祖父的高压行政措施对平民百姓的影响，因此他衷心向往的是实行理想的仁政。因此之故，他在政府的言论和行事上努力实行一些较大的变革，但这些变革却招致了灾难性的后果。
公元1398年6月30日，他在南京继位。时年21岁。定年号为建文。因此后人称之为建文帝。
建文帝即位以后，把黄子澄、齐泰和方孝孺都提升为行政负责官员。1380年裁掉中书省以后，明太祖曾经决定，国家一切事务都必须由他一人作为行政首脑来裁决。因此，翰林学士们和六部尚书只有建议权和在政府中执行命令之权。当新皇帝召集这三位士大夫来“参国政”时，这种局面就结束了。
如果这些重建活动或多或少地不是虚构的话，这些皇帝的顾问们就不是只领干薪了，而是实际地在管理政府。这样做就大大地离开了第一位皇帝所定下的制度，因为皇帝的顾问们现在被置于在六部之上施政的地位。他们现在又制定政策，又执行政策，极像从前某些王朝中的丞相的所作所为；他们仅仅缺少丞相的头衔。没有这个头衔只是形式上尊重明太祖的《祖训录》，因为《祖训录》是严格禁止任命丞相的。
建文帝年轻，仁慈懦弱，那些叔叔们并不把他放在眼里。他感受到了威胁。
于是在大殿召见黄子澄齐秦。建文帝说：”有人如果要谋反，怎么办？“
黄子澄回答：”陛下，一定要镇压。对那些手握重兵的藩王要削藩。“
建文帝问：”怎么办？“黄子澄回答说：”可先从势力小的动手。“
建文帝说：”如果他们联合起来叛乱怎么办？“
齐秦说：”先分化他们，在各个击破。“
建文帝说：”有把握吗？“黄子澄回答：”一定行，陛下放心。“
“那好，去办吧。”
周王朱橚（1361—1425年）是第一个倒台的，接着另外四个王子也垮了下来：代王朱桂（1374—1446年）；湘王朱柏（1371—1399年）；齐王朱榑（1364—1428年）；以及岷王朱楩（1379—1400年）。一年之内在五个举足轻重的藩封被废之后，燕王便成了下一个目标。朝廷承认他是最棘手的敌人，因此在行动上很小心谨慎；可是，这样一来反而给了燕王集结部队和作准备的时间。
令人难以对付的燕王朱棣生于1360年5月2日，他的生母也许是洪武帝的一位贡妃。不是像他自己后来所说的那样为马皇后所生。
在往后的数十年中燕王守卫他的藩封时，他经常指挥对蒙古人的战斗，在老将们的辅弼之下很会打仗。他的功绩赢得了他父亲的好评，但也引起了后者的烦恼，因为他越来越变得心志不凡、目中无人和闹独立性。当1392年洪武帝册封他长兄的儿子朱允炆而不是指派他为皇嗣的时候，燕王显然是异常失望的。道衍和尚被朱元璋派往北平。
道衍和尚求见朱棣。对朱棣说：“王爷有九五之分，希望王爷要努力，”
朱棣说：“怎么努力。”道衍说：“秘密招兵买马，等待时机。"朱棣说：”好'.
相士袁珙也对朱棣说：“殿下已年近四十了，一过四十，长须过脐，必为天子，如有不准，愿剜双目。”在这些人的怂恿下，朱棣便积极操练兵马。
道衍惟恐练兵走漏消息，就在殿中挖了一个地道，通往后苑，修筑地下室，围绕重墙，在内督造兵器，又在墙外的室中养了无数的鹅鸭，日夕鸣叫，声浪如潮，以不使外人听到里面的声音。但消息还是走漏了出去，不久就传到朝廷，大臣齐泰、黄子澄两人十分重视此事，黄子澄主张立即讨燕，齐泰以为应先密布兵马，翦除党羽，然后再兴兵讨之。
朱棣知道建文帝已对他十分怀疑，为了打消他的疑忌，便派自己的三个儿子高炽、高煦、高燧前往金陵，祭奠太祖朱元璋，建文帝正在疑惑不定，忽报三人前来，就立即召见，言谈之下，建文帝觉得除朱高煦有骄矜之色外，其他两人执礼甚恭，便稍稍安心。等祭奠完了朱元璋，建文帝便想把这三人留下，作为人质。正在迟疑不觉之际，朱棣早已料到这一着，飞马来报，说朱棣病危，要三子速归。
建文帝无奈，只得放三人归去。魏国公徐辉祖听说了，连忙来见，要建文帝留下朱高煦。原来，徐辉祖是徐达之子，是朱棣三子的亲舅舅。他对建文帝说：“臣的三个外甥之中，惟有高煦最为勇悍无赖，不但不忠，还将叛父，他日必为后患，不如留在京中，以免日后胡行。”
建文帝仍迟疑不决，再问别的人，别人都替朱高煦担保，于是，建文帝决定放行。朱高煦深恐建文帝后悔，临行时偷了徐辉祖的一匹名马，加鞭而去。一路上杀了许多驿丞官吏，返见朱棣。朱棣见高煦归来，十分高兴，对他们说：“我们父子四人今又重逢，真是天助我也！”
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