1644年，崇祯帝在北京自缢，明朝宗室在江南建立了南明，同年福王朱由崧建立的弘光政权。1645年弘光帝亦死，郑芝龙、黄道周等人扶朱聿键于福州登基称帝，改元为隆武并于同年开铸隆武通宝钱，1646年，清军入福建，朱聿键在汀州被掳，绝食而亡，享年44岁。永历帝即位后初上尊号思文皇帝，永历十一年上庙号绍宗，改谥号为配天至道弘毅肃穆思文烈武敏仁广孝襄皇帝。
646年（隆武二年）8月21日，朱聿键逃出延平，到汀州城外时被清军追上，他带着曾皇后和忠诚伯周之藩等躲入关帝庙。清兵在门前厉声呼喝：“朱聿键出来。”忽然，一个人手持钢刀跳出庙门，高喝我就是隆武帝，挥刀杀向清兵，清兵急忙发乱箭将他射死，原来此人是周之藩，他舍身想掩护朱聿键脱险。清兵也怀疑他不是隆武帝，进庙搜查，只见后门洞开，庙内空无一人，知朱聿键和曾皇后已从后门逃入汀州城内。清军前锋统领努山命令几百个兵士穿上明军服装，打着明军旗号，直奔城门。汀州守军以为是败退下来的明军，让清军一拥而入，俘获了朱聿键和曾皇后，并将他俩分别押入轿子送往福州。到闽江支流九溪边停下休息时，曾皇后猛然窜出轿子，哭喊一声，陛下宜殉国，妾先去了。纵身跳崖身死。朱聿键也几次想自尽，都因清兵的严密监守而未成，于是绝食而死在福州囚处。
朱聿键如果生在太平盛世，可能是一位贤明的君王。但不幸的是他生活在明末清初的乱世，手中兵马也不足以和清兵抗衡。他本人可以说是南明诸帝中较有能力的皇帝，只可惜在错误的地点选择了错误的势力，才使得他无所建树，最终隆武朝廷的复国计划失败。朱聿键自奉甚俭，品格在南明诸君中是少见的优良。
朱由榔（1623年11月1日—1662年6月1日）南明皇帝，明神宗朱翊钧之孙，光宗朱常洛之侄，熹宗朱由校、思宗朱由检、安宗朱由崧堂弟，桂端王朱常瀛之子。1646年袭封桂王。1646年-1662年在位。年号永历，史称永历帝。
朱由榔倚仗大西军余部李定国、孙可望等在西南一隅抵抗清朝，因此维持时间较长。1661年，清军攻入云南，朱由榔逃到缅甸曼德勒，被缅王收留。后来吴三桂攻入缅甸，缅王将其献与吴三桂。1662年6月在昆明被绞死。终年40岁。
公元1646年，隆武帝朱聿键在福建汀州被清军俘虏，随即被害。国不可一日无主。按照明朝的当时的继承制度，皇位应该由明神宗的直系男性后裔继承。而当时明神宗的男性后裔只剩下朱由榔一人。于是在广西巡抚瞿式耜等人的拥立下，同年十月初十日朱由榔称监国于肇庆，以丁魁楚为首席大学士兼兵部尚书，瞿式耜为东阁大学士兼吏部左侍郎管尚书事，同时任命了各部院官员。
公元1661年，清军攻入云南，永历帝流亡缅甸首都曼德勒，被缅甸王莽达收留。后吴三桂攻入缅甸，莽达之弟莽白乘机发动政变，杀死其兄后继位。1661年8月12日，莽白发动咒水之难，杀尽永历帝侍从近卫。
莽白得到清军进入缅境的消息后，曾写信给吴三桂，到1662年1月22日，莽白将永历帝献给吴三桂，明朝皇统彻底灭亡。1662年6月1日，永历帝父子及眷属25人在昆明篦子坡遭弓弦勒死，终年40岁。其身亡处后改名为逼死坡。
在晚明的最后几十年中，南明政权曾希望借助于天主教的力量，弘光帝就曾派人去澳门搬兵求援，而永历帝作为南明政权最后一个即帝位的人也曾如此。
1646年，澳门葡萄牙当局发兵300、携大炮数门前来助战，一时使南明收复了不少失地。为了感谢传教士，1648年永历帝家族皆入教，同时宫中受洗的还有嫔妃50人，大员40人，太监无数。其嫡母王太后、妻子王皇后、太子慈炫都进行过洗礼，但永历帝本人则并未受洗。
永历年号在台湾一直被使用到1683年郑克爽降清为止。